Os projetos de pesquisa desenvolvidos pela Fiocruz Mata Atlântica (FMA) se enquadram nas seguintes áreas e linhas de pesquisa da Fiocruz:

Áreas 1 (Entomologia, Biologia de Vetores e Reservatórios de agentes infecciosos) e 14 (Ambiente, Ecologia e Saúde: Estuda as relações e intervenções entre o homem e o ambiente e seus reflexos para a saúde individual e coletiva).  A FMA desenvolve projetos na interface entre biodiversidade e saúde na Mata Atlântica e outros biomas. Em escala local, a FMA desenvolve um projeto de longa duração para o levantamento e monitoramento da biodiversidade local, incluindo plantas, animais e microrganismos, intitulado Biota Pedra Branca. Coordena também um projeto em rede para prospecção de patógenos de potencial zoonótico e seus impactos na saúde animal e humana na cidade do Rio de Janeiro. O projeto inclui pesquisas em morcegos, saguis, roedores, marsupiais, animais domésticos e outros potenciais hospedeiros.

Em escala ampliada, coordena o projeto “Rede de prospecção e monitoramento de agentes zoonóticos associados a morcegos no Brasil”, que reúne pesquisadores da Fiocruz e outras instituições para avaliar a ocorrência e distribuição de 10 famílias virais, além de bactérias zoonóticas, tripanosomatídeos (como Trypanosoma cruzi) e fungos em morcegos.

Áreas 22 (Sociologia, Antropologia, Filosofia e Saúde, Cultura e Sociedade). A linha de pesquisa “Memória, religião e ambiente” busca conhecer, através de pesquisa documental, observação participante e entrevistas as práticas sociais culturais, religiosas e de manejo de fauna e flora dos povos tradicionais e populações que habitam o entorno do Parque Estadual da Pedra Branca.

Área 23 (História, Saúde e Ciência). Busca através de documentos institucionais da Fiocruz, de jornais e entrevistas, compreender quais são os marcos históricos da constituição dos setores e ou atividades da Fiocruz Mata Atlântica e registrar as memórias dos trabalhadores da FMA.